Este vistoso y sugerente licor ya era conocido y apreciado en Navarra desde la Edad Media. Sabemos por ejemplo, que el pacharán formó parte del menú servido en la boda del noble D. Godofre de Navarra, hijo natural del rey Carlos III, con Doña Teresa de Arellano en el año 1415. Y además ha quedado constancia escrita de que la reina Blanca de Navarra en el mes de abril de 1441, su último año de vida, tomó pacharán cuando cayó enferma en el Monasterio de Santa Maria de Nieva.
Con el paso del tiempo, el pacharán pasó de ser un producto medicinal a convertirse en una bebida presente en todos los hogares y evolucionó desde una elaboración casera hasta su industrialización. Así en el año 1956 salió al mercado la primera marca comercial de pacharán pero no es hasta los años 80 cuando el consumo de pacharán se incrementa notoriamente extendiéndose por toda la Península.